Черепашки отдыхают, бьют бандитов и спокойно едят пиццу с мыслями о том, что с их злейшими врагами, Крэнгом и Шреддером, покончено. Однако не тут-то было, Шреддер вновь возвращается из измерения икс и начинает строить свои коварные козни против ничего не подозревающих подростков-мутантов...